מהלכה של האמה נמשך מדרום לצפון לאורך כ־16 ק"מ על פני מדרונותיה הדרומיים-מזרחיים של רמת פוריה, מראשיתה המצוי חלקו העילי של קניון נחל יבניאל ברום 100- מפני הים ועד למאגר המים העירוני בצפונה של העיר הרומית ביזנטית ברום 180- מפני הים. קיים קושי לקבוע מי מהמעיינות המוכרים לנו היום – עין כוש, עין פטל ועין יעלה (רון) – שימש כמקור הזנה עיקרי למי אמת המים, אך מקובל במחקר לייחס את מי עין יעלה (רון) הנובע מעברו הדרומי של הנחל, כמקור המים העיקרי. מקורם של מי מעיינות אלו מצוי באגן הידרולוגי מקומי כאקוויפר הנאגר בסלעים הנקבוביים של שכבת 'בזלת הכיסוי' ושעון על שכבת חווארים וחרסיות אטומות לחלחול, המיוחסות לתצורות הגיאולוגיות גשר ובירה.

השיפוע ההידראולי הנדרש בירידה של 80 מ' לאורך של 16 ק"מ מתון ביותר, מורד אנכי של חמישה מ' לאורך 1000 מ' בקו אופקי, מתינות השיפוע רבה עד כדי 0.2-0.3 אחוז (2-3 פרומיל). מלבד הצורך בתנועה של המים במורד האמה, לאחידות ולמתינות הזרימה חשיבות נוספת וזו למעשה אספקת מים סדירה, אחידה ומתמשכת לנקודת החלוקה ובמילוי מתמיד לצרכן המים. האמה נבנתה על גבי קיר מוארך של מסד אבן המכיל חומרי מליטה רבים, בראש הקיר ובגובה הרצוי נבנתה תעלה שדפנותיה עבות ומעוגנות לראש קיר המסד, בסיס התעלה ושתי הפנים הפנימיות טויחו בטחי הידראולי בשכבה עבה, ומוצאים בו אך שכבות נוספות הקשורות לתחזוקת האמה לאורך שנות קיומה. בליבת אבני קירות התעלה חומרי מליטה הידראוליים רבים המונעים חילחול ועמידים בפני בלייה במגעם המתמשך עם המים.

במהלכה נדרשה אמת המים לגבור על מכשולים רבים; מקטעים בהם בלט המסלע המקומי נחצבה האמה בסלע, מקטעים בהם הייתה רבודה שכבה עבה של אדמה נחפרה תעלה לאורך רצועה נדרשת. ככלל ניתן לחלק את מהלך אמת המים לשלושה מקטעים עיקריים, שהוכתבו במאפייניהם מהתנאים הטבעיים המקומיים וממקורות חומרי הגלם הזמינים והנגישים לבנייתה: המקטע הראשון – העליון ומדרום; ראשיתו במקורות המים המזינים את האמה, המצוי במקבץ מעיינות הנובעים באקוויפר עילי הנחשף בהעתק הגיאולוגי שבאפיק נחל יבניאל ובאגן הניקוז של ערוץ הנחל. במקטע זה נבנתה אמת המים על גבי גשר שחצה את נחל יבניאל מדרום לצפון, מכאן אותרו בסקרים ארכיאולוגיים שרידים ומקטעי תעלות בנויות ומטויחות בראשי המדרונות הצפוניים של ערוץ נחל יבניאל. המדרונות התלולים של המצוקים הצפוניים של האפיק הכתיבו כאן בנייה על דרגשי סלע המלווה בקירות תמך גבוהים ולאורך של כשלושה ק"מ ממערב למזרח. מעט מזרחית למפתח נחל יבניאל מתעקלת אמת המים צפונה, מכאן נבנה המקטע השני של אמת המים; מקטע זה האוגף ממערב ובעורפו של קיבוץ כנרת וחוצה את חלקה המערבי-העליון של המושבה כנרת, חלקו העיקרי נבנה במתינות על קווי הגובה המלווים את עמקי מדרונות הרמה הבזלתית מדרום לצפון. לאורך רוב המקטע האדמה רבודה וצבורות בו קרקעות עבות. לבניית האמה נחפר התוואי בקרקע עד לעומק הרצוי ולאורך רצועה ארוכה נבנתה אמת המים. מאחר ואזור זה עני במקורות סלע זמין, נדרשו הבנאים לתור אחר חומרי גלם לבנייתו באזורים מרוחקים מערבה, בהם נגישים היו מקורות חומרי הגלם לבנייה, ולשנעם לאתר בניית אמת המים. על אופיו החומרי ומאפייניו הארכיאולוגיים של מקטע זה אנו למדים מחפירה ארכיאולוגית שנערכת בימים אלו לראשונה בתוואי הראשי של האמה, במסגרת פיתוח ובניית שכונה חדשה בהרחבת קיבוץ כנרת. בחפירה, המנוהלת על ידי ארכיאולוג רשות העתיקות עבד אלגני אבראהים, נחשף מקטע של כ־150 מ' מאמת המים באתרו, בו ניתן לעמוד על שיטות הבנייה הייחודיות, הכוללות חציבה ובנייה בשילוב חומרי מליטה הידראוליים שונים.