שמורת החולה נמצאת במצב בעייתי בהיבט של שקיעת אדמות הכבול סביבה וירידת מפלסי הקרקע כאשר היא נשארה גבוהה ומנותקת. עם השנים נוצרו בעיות של סידוק סוללות האגם בשמורה ויש למנוע את פריצתן. בנוסף הנתק יצר מחסום הידרוביולוגי בין השמורה למערכת הירדן ומוצע לשלב פתרון של ייצוב הסוללות ביחד עם הזרמת מים מתונה בין השמורה לתעלה המערבית. ב-2019 רשות הניקוז בשת"פ עם רשות הטבע והגנים החלו את ביצוע עבודות השיקום בשמורת החולה. העבודות הסתיימו בהצלחה רבה באוגוסט 2020.
