רק בחמישים השנים האחרונות, חדדה לתודעה הציבורית ההכרה בהיקף הנזק שנגרם לנחלים, בצורך לעסוק בשיקומם כמערכות אקולוגיות, ולמתן את ההרס שנגרם להם כתוצאה מהפעילות האנושית. זיהום הנחלים היה הנושא הראשון אשר עלה על סדר היום בהקשר זה. הזרמת שפכים לנחל נתפסת כבלתי לגיטימית, ותכניות השיקום מתבססות על ההנחה שהזיהום הופסק, או יופסק בעתיד הקרוב. בשלב מאוחר יותר, נקבעו עקרונות נוספים בשיקום הנחל, כגון שימור נופי, שיקום אקולוגי, או טיפוח אזורי נופש ופנאי. שיקום נחל עשוי להתפרש על פני שנים רבות. מדובר בפעילות רב – מערכתית, הכוללת הפסקת הזרמת השפכים, ניקוי האפיק מפסולת, שחזור נתיב הזרימה, וסיוע לתהליכים הטבעיים של התחדשות והשבת בתי גידול. השבת מים לנחלים גם היא פעילות הכרחית, בעלת השפעה אקולוגית וגופית ראשונה במעלה, וערד גבוה מבחינת תרומתה לשירותי פנאי, רווחה ותיירות.
העלייה במודעות הסביבתית לחשיבות הנחלים, כמו גם העלייה התלולה בביקוש התיירותי לבילוי על גדות הנחלים, מחייבים היערכות ייחודית לתכנון, תחזוקה ובקרה על הנחלים בתחום אגן היקוות הכינרת, וכן לאורך הירדן שמדרום לכינרת ועד למפגש הירדן עם היָּרְמוּך בגבול ממלכת ירדן. לאור עליית הביקוש והמודעות לחשיבות הנחלים הטיל השר להגנת הסביבה, מתוקף סמכותו בחוק רָשׁוּיוֹת נחלים ומעיינות, תפקידי "רָשׁוּת נחל" על רָשׁוּיוֹת הניקוז והסדיר, באופן אדמיניסטרטיבי, את העברת התקציבים לשיקום נחלי ישראל. זו הייתה תפיסת עולם חדשה, אינטגרטיבית, שידעה לשלב בין צרכי הניקוז לצרכי הנחל. רָשׁוּת ניקוז כינרת הוכרזה אפוא גם כ – "רָשׁוּת נחל", וככזו היא עוסקת בתכנון ושיקום הנחלים הראשיים בתחום האגן שבאחריותה.
חוק רָשׁוּיוֹת נחלים ומעיינות שבסמכות השר להגנת הסביבה מפרט רשימת תפקידים שעל רָשׁוּת נחל לבצע כגון: הסדרתה של זרימת המים בנחל במגמה לשמור על מפלס מים מתאים כל חודשי השנה, ניקוזו הסדיר של תחום רָשׁוּת הנחל, קביעת תוואי לנחל או העברתם של מי הנחל או מקור המים לאפיקים אחרים, הסדרת מפגעי תברואה הכרוכים בזיהום הנחל או מקור המים או בזרימתם המשתנית של מימיו ושמירת הנוף ומתנות הטבע לאורך הנחל בשתי גדותיו או מסביב למעיין, למעט נחל ומעיין שבתחומי גן לאומי או שמורת טבע, והכשרת שטחים אלה לצרכי גנים, נופש וספורט.