את מאזן המים של הכינרת ניתן להשוות (לצורך ההסבר) לחשבון בנק- עם "הכנסות" ו"הוצאות" (כניסת מים ויציאת מים) ואפשרות למשיכת יתר ("אוברדרפט" ). היחס בין כמויות המים הנכנסות והיוצאות מהאגם הוא שקובע את רום המפלס.maazan-maim רבים ומגוונים הם מקורות המים המזינים את האגם: הנחלים הזורמים אליו, הגשם היורד ישירות על האגם, והמים המולחים השופעים תת-מימית אל הכינרת. סך כל כמויות המים הנכנסים לכינרת הוא 870 מלמ"ק (מליון מ"ק) בממוצע בשנה, מתוכם כ- 70 מליון מלמ"ק שמקורם בגשם ישיר על האגם, בעוד 800 מלמ"ק באים מאגן ההיקוות של הכינרת, ובעיקר מהירדן. כמות זו היא חלק מ- 2,160 מלמ"ק בשנה, שהם סך כמות המשקעים באגן ההיקוות.
לצד מקורות המים הטבעיים, ניתן להוסיף לכינרת מקורות מים מלאכותיים- שאיבה מן הירמוך וגשם מלאכותי. מערכות שאיבה ותעלות הטיה מאפשרות לשאוב ולהוליך מים מן הירמוך ונחלי דרום רמת הגולן, אשר באופן טבעי זורמים אל הירדן הדרומי, אל כינרת. באמצעות זריעת עננים ניתן להגביר את כמויות הגשם בכ-15%.
עלינו לזכור כי מדובר בממוצעים שנתיים, עם סטיות קיצוניות. בשנת 1969 (שנת "השיטפון הגדול") נכנסו לכינרת 1,300 מלמ"ק, בעוד שבשנות בצורת הכניסה לכינרת עומדת על כ- 100 מלמ"ק בלבד.
מגוונות גם הצורות ליציאת מים מהאגם- שאיבה במוביל המים הארצי, שאיבה ע"י צרכנים מקומיים, יציאה טבעית בירדן הדרומי באמצעות פתיחת סכר דגניה, והתאדות.
שאיבת מים מהכינרת במוביל הארצי- כ-570 מלמ"ק נשאבים מהכינרת בשנה, מתוכם כ-430 מלמ"ק ע"י המוביל הארצי והשאר ע"י צרכנים אחרים השואבים ישירות מהכינרת. מוביל המים הארצי שנבנה ומופעל ע"י חברת "מקורות", הוא הגדול במפעלי המים של מדינת ישראל. בגרסתו המקורית תוכננה תפיסת המים בצפון עמק החולה. תוכנית זו עוררה התנגדות עזה של הסורים ולכן נזנחה, ובמקומה הופעלה תכנית חלופית, שבה תפיסת המים מתבצעת ליד מצד עטרת, סמוך לגשר בנות יעקב. גם תכנית זו נתקלה בהתנגדות מצד הסורים, צבאית ומדינית, שנתמכה ע"י ארצות הברית. לחצה של ארצות הברית הכריע את הכף למען נטישתה של תכנית זו. בדיעבד מסתבר שבשתי התכניות הללו יש מגרעת חמורה- אומנם היו מי המוביל הארצי זורמים בקטע הצפוני של המפעל בגרביטציה, ללא השקעת אנרגיה, אולם הם לא היו עוברים דרך האגם. דבר זה היה מונע אפשרות של שימוש בכינרת כמאגר רב-שנתי לוויסות כמות המים וגורם לעלייה בהתפתחות האצות. בסופו של דבר נבנה המוביל הארצי במתכונתו הנוכחית- שאיבת המים מתבצעת מהאגם עצמו, תוך השקעה גדולה של משאבים ואנרגיה.
בשנים בהן יש סכנה לעליית המפלס מעבר ל"קו האדום העליון" נעשה שחרור מים מסכר דגניה אל הירדן הדרומי וים המלח.
ההתאדות מהווה גורם חשוב ביציאת מים מהכינרת, בסך הכל מתאדים כ-280 מלמ"ק מים בשנה- כמות גדולה לכל הדעות. הסיבות להתאדות הגבוהה הן הטמפרטורות הגבוהות בקיץ באזור האגם, וכן משטר הרוחות. ההתאדות הגבוהה ביותר נמדדת בחודשים יולי-אוגוסט, בהם, בנוסף לטמפרטורות הגבוהות, נושבות רוחות מערביות חזקות. בשיאה מגיעה ההתאדות לסנטימטר ביום.
רוב המים נכנסים לכינרת בחורף ויוצאים ממנה בקיץ, אם כי המפלס הגבוה ביותר הוא בדרך-כלל בתחילת מאי. כלומר- המפלס ממשיך לעלות גם לאחר תום תקופת הגשמים. עליית המפלס קשורה בכך שמקורות הירדן מגיעים לשיא שפיעתם באביב (וזאת בשל הזמן שעובר מאז ירידת המשקעים ועד הגעתם בחלחול למי התהום ולמעיינות).