שם עברי: מקור השם נחל מיצר בשלוחה ההררית הצרה המפרידה בין ראש הנחל לראשו של נחל עין גב, עליה עובר כביש 98 בדרכו מכפר חרוב לאפיק.
שם ערבי: ואדי יאקוצה, כשם הכפר הסורי הנטוש שעל גדתו; ואדי מסעוד (הנחל המאושר)
נ"צ לראש הנחל: 2683/7405
נ"צ לשפך הנחל: 2656/7357
אורך הנחל: כ־9 ק"מ
שטח אגן ההיקוות: כ־24 קמ"ר
יובלים עיקריים: ואדי ברברה, ואדי סמר
ראשיתו של נחל מיצר בכפר הסורי הנטוש אל-יאקוצה, המצוי כ־1 ק"מ מדרום לקיבוץ מיצר. מכאן יורד הנחל מערבה בעמק עמוק ורחב שמדרונותיו תלולים. העמק חתור בסלעי קרטון רכים. לאחר כ־4 ק"מ פוגש הנחל את יובלו ואדי ברברה וכאן הוא פונה דרומה וזורם כפלג מים צנוע עד הישפכו אל הירמוך.
מדרונות הנחל מכוסים ביער פארק מרשים שמרכיביו: עצי אלון התבור, אלה אטלנטית, לבנה רפואי ושקד קטן עלים. באביב פורחות בעמק כלניות, גביעוניות הלבנון, פרגות ארם צובא. לאורך פלג המים שבנחל – שדרות של עצי ערבה מחודדת, שיחי הרדוף הנחלים, פטל וקנה. במפגש הנחל עם הירמוך גדלים עצי צפצפת הפרת.
נחל מיצר נשפך אל הירמוך סמוך לגשר הרכבת הטורקית הקרוי ג'סר שק אל ברֶד (גשר הנקיק הקר). ממול לשפך הנחל יורד אל הירמוך ערוצו של ואדי שק אל ברד (תחום ירדן) ובו מפל מים יפה.
נחל מיצר כולו הוא שמורת טבע. שביל מסומן בכחול יורד מכביש 98 אל ערוץ הנחל וממשיך בו כמה קילומטרים עד לכביש הביטחון החוצה את הנחל בדרכו ממבוא חמה אל קיבוץ מיצר. המשך התנועה בנחל לעבר שפכו לירמוך אסור מסיבות ביטחוניות. בין גדר הבטחון התחתונה לבין ערוץ הירמוך בחלקו התחתון של הנחל יש מפל שגובהו כ־9 מ'. לאורך נחל מיצר עובר שביל הגולן.