לאחר איחוד יובליו הראשיים ליד קיבוץ שדה נחמיה, ממשיך הנהר דרומה, חולף ממערב ובצמוד לקיבוץ עמיר, ממשיך ממזרח ובצמוד לקיבוץ כפר בלום. בדרום הקיבוץ מתחילה למעשה התעלה המזרחית, הפונה לכיוון דרום-מזרח כ־2.5 ק"מ עד לגשר להבות הבשן, על כביש 977. מכאן הנהר יורד בתעלה בקו ישר ובכיוון דרום לאורך כ־9 ק"מ, עד לחיבורו לתעלה המערבית בנקודה הידועה בשם מפגש התעלות. התעלה המזרחית שנחפרה במסגרת פעולות ייבוש הביצות והאגם, נועדה להעביר את כל ספיקת הנהר, כולל מי גאויות בחורף. לשם כך היא נבנתה רחבה מאוד, עד כדי 50 מ', עם סוללות גבוהות משני צדיה שיכולים לאפשר עליית המים בזמן גאויות חזקות לגובה של 7 מ' ויותר, על מנת למנוע הצפת שטחים חקלאיים וישובים בעמק החולה. בגדותיה צומחים עצי ערבה מחודדת הפזורים במרווחים גדולים ושאר הצמחייה מכוסחת כל שנה כדי למנוע חיכוך ועיכוב של מי הגאויות. בגלל השיפוע המתון של התעלה המזרחית, המים זורמים בה באטיות ומאפשרים פעילות רבה של נופשים, בעיקר בשייט סירות וקיאקים בעונת הקיץ. תעלת קליל, האוספת בדרכה מצפון את מימי הגאויות של נחלי צפון הגולן, בהם שונית, ברכה, רחום וירדינון – נכנסת לאפיק נחל עורבים מצפון-מערב לצומת להבות הבשן על כביש 977, ודרכו – אל התעלה המזרחית. עודפי המים החמים, הפורצים ארטזית בקידוחי שמיר ושאינם מנוצלים במערכת החקלאית בעמק החולה ובגולן, מוזרמים בצינור אל מורד נחל עורבים ודרכו – אל התעלה המזרחית. רשת ענפה של תעלות ניקוז מביאה את מי הנגר משטחי החקלאות שמשני צדי התעלה, חלקן מאדמות הסחף וחלקן מאדמות הכבול מאזור הביצות המיובשות, כשמטרת הניקוז היא לשמור על מפלס מי תהום קבוע, למנוע הצפות ולאפשר עיבוד חקלאי תקין. מדרום לקיבוץ גונן מתחילה תעלה נוספת לאסוף את המים היורדים ממורדות הגולן בנחלים שוח, נשף וחמדל ומעודפי המעיינות הגדולים (המנוצלים בקיץ), בהם עין מאמון, עין גונן, עין דבשה ועין טינה. תעלה זו נקראת תעלת הביטחון, שכן היא צמודה לכביש 918, המכונה כביש הפטרולים, עליו פטרלו כוחות הביטחון לפני 1967 מתחת למוצבים הסוריים. אורכה של תעלה זו כ-9 ק"מ והיא נכנסת לתעלה המזרחית של הירדן מצפון לגשר הפקק. מעל התעלה המזרחית בחלקה הדרומי, מול אגמון החולה, נבנה גשר צינורות המעביר מים מצד לצד של הנהר. הגשר, שצבעו ירוק, מכונה הגשר הירוק, וניתן לעלות עליו ברגל ולצפות ממנו אל הנהר הזורם מצפון לדרום ואל שטחי האגמון והשדות הפרוסים למלוא רוחב העין.
