תכנית "שיקום מורד הירדן" עוסקת במקטע "מורד הירדן" באורך קטע של כ- 11 ק"מ המתחיל במוצאו הדרומי של הירדן מהכנרת (סכר דגניה) ועד לנקודת מפגש הנחלים ירדן-ירמוך שבנהריים.
מקטע מורד הירדן סבל במשך שנים רבות מזיהום חמור בעקבות הזרמת שפכים ומי קולחין עירוניים ממט"ש ביתניה ומהטיית המעיינות המליחים מצפון הכינרת אל מורד הירדן בנקודת הזרמה דרומית מסכר אלומות. איכות המים הירודה גרמה במשך השנים לשיקוע ולהצטברות של סחף קרקע מליחה בקרקעית הנחל. משנת 2014 הקרן לשטחים פתוחים, מתקצבת במיליונים שקלים את תכנית השיקום בנחל ומאפשרת את מימוש החזון של רשות הניקוז לשיקום ולהסדרה של מקטע מורד הירדן.
לאחר סיום עבודות העפר המאסיביות בנחל, הגענו לשלב הביצוע של תכניות הפיתוח בסביבת הנחל. התכנית כוללת הסדרת מערך שביליי טיילות, מצפורים, פינות ישיבה ואזורי פיקניק לאורכו של הנחל לצורכי חשיפה והנגשת האדם אל הטבע. יצירת חיבוריות של מקטע הנחל למגוון אתרים שמהווים מוקד לפעילות נופש ופנאי באזור. תוכנית פיתוח המקטע תכלול פיתוח עדין של חניוני יום, קטעים שקטים ואקסטנסיביים ובכך יינתן מענה רחב הן למגוון הצרכים של אוכלוסיית המבקרים במרחב והן לשמירה על אזורים של טבע פראי ללא התערבות אדם.
מזה כ-6 שנים מבצעת רשות הניקוז עבודות הסדרה ושיקום מורד הירדן במימון הקרן לשטחים פתוחים ומשרד החקלאות